南华山自然保护区管理处前身为1993年成立的海原县南华山水源涵养林建设指挥部，历经2006年更名、2014年升级为国家级保护区等阶段，2020年起由自治区林业和草原局直属管理。该机构负责南华山20121公顷范围内森林-灌丛-草原复合型生态系统的保护，通过封山禁牧、退人还山（2012年前搬迁核心区429户居民）、智慧监管平台建设等措施，使森林覆盖率从不足10%提升至30.37%，年供水量支撑周边四乡二镇饮水安全。截至2023年，管理处下设3个科室和4个基层管理站，核定编制59名，在岗人员71人。