新疆农业科学院玛纳斯县试验站位于新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州玛纳斯县境内。该试验站主要开展棉花品种选育及配套技术研究，建有早熟棉繁育基地，集成应用导航精量播种、小流量滴灌技术、磷肥前移及激发碳调节磷肥技术等栽培体系。

试验站联合玛纳斯县农业农村局等单位打造高产示范田，依托智能农业系统实现田间水肥精准供给，整合土壤传感器、气象监测等设施，使棉田每亩节水30立方米并降低综合成本200元。其参与的脱叶剂喷施研究表明，棉花吐絮率50%时施药可使20天后脱叶率达92%。该站还参与国家数字种植创新应用基地建设，通过物联网设备推动棉花田间管理智能化，并构建了州、县、乡三级联动技术服务体系。