黑石沟站（Heishigou Railway Station）是敦煌铁路线上的一座车站，位于青海省海西州格尔木市。

敦煌铁路位于青海省海西州和甘肃省酒泉市境内，其中肃北至马海区段全长173公里，于2013年4月开工建设，新建水坝河站、黑石沟站、长草沟站、当金山站、苏干湖站、塞什腾山站等6座车站。2019年11月8日18:00起，敦煌铁路敦煌至省界段范围内的敦煌西站、南湖店站、阳关站、阿克塞站、肃北站、水坝河站、黑石沟站、长草沟站、当金山站、苏干湖站等十座车站全部带电运行。

2019年12月18日，随着肃北至马海区段正式通车，标志着敦煌铁路全线正式开通运营。